Cộng hòa Miền Nam Việt Nam tuyên bố là chủ thể có quyền hợp pháp tại miền Nam Việt Nam, khi thành lập không công nhận chính quyền Việt Nam Cộng hòa. Trong quan hệ với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, Cộng hòa Miền Nam Việt Nam khẳng định chủ quyền ở miền Nam Việt Nam, nhưng không từ chối các tuyên bố về chủ quyền cả nước của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. 2 miền lập đại diện. Về phía Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, công nhận Cộng hòa Miền Nam Việt Nam là chính quyền hợp pháp ở miền Nam Việt Nam, do đó các văn kiện của nhà nước này có lúc khẳng định có 2 chính thể độc lập nhau, nhưng có lúc vẫn khẳng định Việt Nam Dân chủ Cộng hòa là của cả nước, Cộng hòa Miền Nam Việt Nam có chủ quyền tại Miền Nam. Vấn đề này chỉ được rõ ràng các văn kiện tại Hội nghị hiệp thương 1975 khi khẳng định Cộng hoà Miền Nam Việt Nam thi hành quyền lực pháp lý ở miền Nam, còn Việt Nam Dân chủ Cộng hòa thi hành quyền lực ở miền Bắc. Chính quyền Cộng hòa Miền Nam Việt Nam đã tổ chức các cuộc bầu cử ở cấp địa phương, và ra các văn bản pháp luật quản lý theo thẩm quyền. Sau khi Hồ Chí Minh qua đời, Mặt trận và Chính phủ cách mạng lâm thời tổ chức Quốc tang tại vùng kiểm soát, gọi Hồ Chủ tịch là "Lãnh tụ vĩ đại và kính yêu của dân tộc Việt Nam".

Từ ngày 5-7/4/1972, lực lượng Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam tấn công chiếm được thị trấn Lộc Ninh (tỉnh Bình Long) với 28.000 dân. Tại Lộc Ninh đã diễn ra các đợt trao trả tù binh của 2 bên miền Nam Việt Nam sau khi ký Hiệp định Paris.

Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam là 1 trong 4 bên tham gia hòa đàm tại Paris và ký Hiệp định Paris ngày 27/1/1973. Sau Hiệp định Paris, thị xã Đông Hà trở thành nơi đặt trụ sở của Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam.

Ngày 19/10/1973, Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam công bố chính sách dân tộc gồm 8 điểm:

1. Thực hiện bình đẳng dân tộc, đoàn kết các lực lượng dân tộc trong đại gia đình các dân tộc Việt Nam.
2. Ra sức bảo tồn và phát triển các dân tộc anh em.
3. Thực hiện đầy đủ quyền tự do dân chủ...
4. Tôn trọng tiếng nói, chữ viết của các dân tộc...
5. Tôn trọng phong tục, tập quán tín ngưỡng, tôn giáo...
6. Chăm lo quyền lợi về ruộng đất, nương rẫy cho đồng bào...
7. Ra sức phát triển y tế, vệ sinh phòng bệnh, chữa bệnh bảo vệ bà mẹ trẻ em.
8. Chăm lo đào tạo, bồi dưỡng đông đảo đội ngũ cán bộ của dân tộc anh em.

Sau 30/4/1975 thiết lập cơ chế quân quản trước khi bộ máy chính quyền hoạt động bình thường. Cộng hòa miền Nam Việt Nam cùng Việt Nam Dân chủ cộng hòa đệ đơn xin gia nhập Liên hợp quốc, tuy nhiên cả hai lần họp Hội đồng Bảo an trong tháng 8 và 9 năm 1975 đều bị Mỹ phủ quyết. Tháng 12 năm 1975 Bộ Chính trị ra Nghị quyết điều chỉnh lại địa giới các tỉnh miền Nam. Tháng 2 năm 1976 chính quyền chính thức ra quyết định điều chỉnh lại các đơn vị hành chính theo đó miền Nam có 20 tỉnh, thành - khi đó tên gọi Thành phố Hồ Chí Minh đã phổ biến (trong khi miền Bắc 17 tỉnh), riêng Bình Trị Thiên được thành lập theo thỏa thuận giữa Cộng hòa miền Nam Việt Nam và Việt Nam Dân chủ cộng hòa trên cơ sở các đơn vị hành chính từ Quảng Bình đến Thừa Thiên ở bắc và nam vĩ tuyến 17, và chuyển giao cho Việt Nam Dân chủ cộng hòa quản lý về cơ bản.

Các cơ quan chính quyền và Ủy ban nhân dân cách mạng cũng như hệ thống mặt trận, đoàn thể hoạt động bình thường dưới sự lãnh đạo của các cấp ủy Đảng cho đến khi chính thức thống nhất Nhà nước và các kỳ đại hội hợp nhất. Ở cấp trung ương thiết lập hệ thống đảng đoàn, ban cán sự đảng bảo đảm sự lãnh đạo của Đảng. Trung ương Đảng ban hành Nghị quyết 247 tháng 9 năm 1975 đẩy mạnh cải tạo xã hội chủ nghĩa ở miền Nam và công tác tiến tới thống nhất Nhà nước. Trung ương Cục miền Nam và các Khu ủy giải thể, và thành lập Ban đại diện Trung ương Đảng và Chính phủ ở miền Nam. Theo cơ chế lãnh đạo, thì Chính phủ Cách mạng lâm thời dưới quyền Hội đồng Chính phủ Việt Nam Dân chủ cộng hòa. Nhiều cơ quan ban ngành lần lượt được sáp nhập. Nhiều cán bộ được cử vào nam, và nhiều cán bộ miền Nam ra bắc công tác. Một số cán bộ từ miền Bắc vào Nam công tác vẫn giữ chức vụ ngoài Bắc. Bảo đảm sự chỉ đạo thống nhất từ Trung ương, đặc biệt ở một số lĩnh vực, ngành cần có sự lãnh đạo đồng bộ xuyên suốt từ Bắc chí Nam, bao gồm các lĩnh vực kinh tế then chốt. Tuy nhiên về pháp lý, thì Hội đồng cố vấn làm công tác lập pháp ban hành pháp lệnh, nghị quyết, và Chính phủ cách mạng lâm thời thực tế vẫn ra các văn bản các vấn đề ở miền Nam dưới chỉ đạo của Đảng và Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.